힘을 되찾은 화이트는 동료의 권고에 따라 마지노와의 충돌을 피하고 열차로 돌아가려 한다. 그러나 죽음의 층에서 영혼의 방에 문제가 발생해 주민들이 움직이지 않자, 밤 일행은 그곳으로 향하고 FUG의 길잡이에게서 카라카의 행방을 듣는다. 탈출 직전 화이트 일행은 정체불명의 강자에게 제압되고, 길잡이는 죽음의 층을 외부와 단절시킨 배후의 존재를 언급한다.

화이트는 영혼의 방에서 힘을 얻었지만, 영혼들이 밖으로 나갈 수 없는 저주 때문에 탈출하지 못한다. 구스트앙이 나타나 영혼을 요구하고, 마지노는 그 안에 친구가 있다며 맞선다. 이후 구스트앙은 유리와 밤을 보고 밤을 십가주와 자하드에 필적할 가능성이 있는 존재로 여기며, 밤에게 부탁할 일이 있다고 말한다.

밤은 포비더 가문의 가주에게 어머니 아를렌과 자신의 운명에 관한 시험을 받는다. 가주는 봉인된 가시 조각을 대가로, 지옥열차의 숨겨진 층에 들어가 자하드가 맡겨 둔 물건을 가져오라고 요구하며, 그곳에는 어린 자하드의 데이터가 존재한다고 밝힌다. 한편 라헬은 붙잡혔지만 치료를 받아 곧 깨어날 것으로 보이고, 일행은 탈출 방법을 찾는다.

구스트앙은 숨겨진 층의 ‘그것’을 얻으려면 과거의 자하드 데이터와 싸워야 한다고 밤에게 알리고, 죽음의 층 주민들의 영혼을 풀어달라는 부탁은 거절한다. 밤 일행은 라헬을 구하고 열차로 돌아가기 위해 떠나며, 가람은 밤에게 자신의 운명을 스스로 결정하라고 말한다. 한편 호크니는 마타와 작별하고, 열차 안에서는 정체불명의 존재가 다가오는 기척이 감지된다.

죽음의 층에서 돌아온 밤은 자신이 탑 밖에서 왔음을 밝히고, 가람과 구스트안 등이 자신을 주시하는 이유를 듣는다. 일행은 숨겨진 층에 들어갈 마스터 키와 ‘과거를 바라보는 방’의 위치를 알아내지만, 다음 정거장 전까지 도달해야 한다. 한편 밤은 두 번째 가시의 힘이 확장된 것을 확인하고 붉은 빛의 조각을 찾기로 한다.

밤은 동료들에게 목적지를 밝힐 수 없는 조건이 있는 ‘숨겨진 층’으로 가자고 제안하고, 동행할 사람을 모은다. 라헬을 데려가려 하자 엔도르시는 반발하며 라헬과 싸워 자격을 증명하라고 요구하고, 호크니는 주변에서 죽음에 가까운 기운을 감지한다.

호크니는 주변에서 죽음에 가까운 사람이 느껴진다고 경고하고, 라헬은 숨겨진 층과 비올레에 관한 정보를 가진 채 일행과 행동을 달리한다. 밤 일행은 ‘과거를 바라보는 방’으로 향해 보스급 가디언과 맞서 새 기술로 이를 물리치지만, 방 안에서는 누군가가 이화를 인질로 삼아 비올레를 데려오라고 협박하고 라헬의 반지가 드러난다.

카라카로 보이는 인물이 반지를 가진 인물을 협박하며, 홍등가와 자하드 문양의 반지에 관한 진실을 요구한다. 그는 자신이 홍등가 출신이며 반지가 왕자임을 증명하는 표식이라고 밝히고, 자신을 키운 여인이 왕의 명령으로 자신을 돌봤다는 사실을 털어놓는다. 이후 구조물이 움직여 문이 열리고, 유리 자하드 일행과 비올레 일행이 나타나 충돌이 벌어진다.

열쇠를 사용한 일행은 문에 빨려 들어가 숨겨진 층에 도착하지만 서로 흩어진다. ‘과거를 비추는 천칭’은 각자의 과거를 바탕으로 이동할 곳과 숙적을 정한다고 밝히고, 일행은 거대한 거북이형 괴물과 마주친다. 한편 숨겨진 층의 관리 측은 이들을 위험 요소로 규정하고 제거하려 한다.

밤 일행은 숨겨진 층의 격리구역에서 선별인원 시절 유한성의 데이터 인간을 만나고, 경비병을 피해 이동한다. 한편 라크와 호크니는 괴물의 공격으로 이곳에 떨어지고, 라크의 숙적이 그 괴물이라는 사실을 알게 된다. 일행은 음유시인 미음의 안내로 마을로 향하며, 각자의 숙적이 생성되기 시작한다.

격리구역에 들어온 밤 일행은 선악과를 없애고 다음 스테이지로 나아가는 규칙과, 악행이 쌓이면 숙적이 나타난다는 설명을 듣는다. 곧 밤의 데이터로 보이는 숙적이 나타나 공격하고, 밤은 이를 자신의 데이터라며 직접 해결하려 한다.

밤은 자신과 똑같은 모습과 힘을 지닌 데이터 인간 숙적과 맞서지만, 같은 사람을 죽이고 싶지 않아 정면 승부 대신 최소한의 타격으로 제압하려 한다. 이후 일행은 병사들을 피해 도망쳐 숨겨진 층의 ‘음유시인의 마을’에 도착하고, 그곳에서 자신들을 영웅이라 부르는 사람들과 마주친다.

음유시인의 마을에 도착한 일행은 주민의 안내로 ‘풀피리 괴물’ 퇴치 퀘스트를 수행해 선행 포인트를 얻는다. 그러나 이곳이 박 브리더에게 지배받는 격리구역이며, 음유시인이 주민들의 기억을 되찾게 한 대가로 갇혀 고통받아 왔다는 사실이 드러난다. 일행은 박 브리더를 불러내 어린 자하드의 데이터 행방을 묻기 위해 더 높은 난도의 퀘스트에 도전하려 한다.

일행은 격리구역 ‘선악과’의 출구를 찾고, 시간이 부족해 위험한 지름길을 택하기로 한다. 높은 난이도의 스테이지에서 대왕 돌문어와 싸우던 중 바티스가 깨어나고, 안전지대인 ‘씨앗’까지 병사들이 침입하자 일행은 서둘러 이동한다.

엔도르시는 밤에게 다른 일행을 데리고 탈출하자고 하고, 씨앗과 통로에 설치된 폭발장치가 곧 작동할 상황에서 일행은 지름길로 이동한다. 보로 일행은 문어 키스트의 습성을 이용해 낚싯줄과 미끼로 가두는 데 성공하지만, 이후 난이도 표시가 모두 검은색으로 변하고 빚 브리더가 나타난다.

숨겨진 층의 관리자 박 브리더 청은 일행에게 그랜드 키스트를 제시하고, 유한성 일행은 동료들을 버리지 않은 채 격리구역을 탈출할 다른 길을 택한다. 한편 청이 소환한 어미 오목눈이를 경계하던 일행은 출구를 찾아내고, 바티스 일행이 문을 부수고 탈출하자 청은 당황한다.