격리구역의 존재들이 탈출해 마을로 향하자, 밤 일행은 가상의 층에서 거대한 악마와 맞선다. 악마는 빚 브리더의 명령을 받는 병사로 드러나고, 그랜드 키스트를 늦게 깨우면 악마가 깨어난다는 사실과 함께 빚 브리더의 계략이 밝혀진다. 전투 중 유한성과 밤은 협력해 악마를 공격하고, 이후 일행 앞에 정체불명의 인물이 나타난다.

밤 일행은 자신을 ‘숙적’이라 소개하는 정체불명의 존재와 맞서고, 그는 여러 생명의 집합체라는 사실을 밝힌 뒤 사냥을 시작한다. 밤은 살아 있는 라크와 재회하고 격리구역 탈출을 시도하는 한편, 브리더의 본체가 있는 문으로 들어가라는 안내를 받는다. 이후 브리더와 데이터 인간의 갈등이 격화되고, 알에서 위험한 존재가 태어난다.

바티스와 일행이 대치하는 가운데, 엔도르시와 동료들은 데이터 인간을 없앨 수 있는 총알로 바티스를 공격한다. 그러나 총알은 바티스에게 통하지 않았고, 바티스는 자신들이 탈출했다고 믿는 것 자체가 착각이라며 세계의 진실을 안다고 주장한다. 이후 바티스는 로즈에게 죽으라고 명령하고 실제로 공격하려 하지만, 일행이 이를 막으려 한다.

박 브리더의 데이터 분신은 숨겨진 층의 진실을 밝힌다. 현재 세계는 자하드와 일부 동료들의 데이터만 남은 ‘숨겨진 숨겨진 층’이며, 브리더들은 또 다른 데이터 세계를 조종해 진짜 그랜드 퀘스트를 방해하고 있었다. 밤은 그곳에 들어가 열차에서 온 사람들을 만나게 해 달라고 요구한다.

밤은 분신을 이용해 숨겨진 데이터 세계에 들어가 열차에서 온 사람들을 찾으려 한다. 일행은 다른 데이터 세계와 자하드의 데이터를 찾기 위해 숨겨진 그랜드 퀘스트를 발동하고, 마을에 나타난 쥐 형태의 빌런들을 물리치지만 거대한 쥐가 다시 등장해 공격한다.

라헬은 ‘이카루스’라는 가명을 쓰며 밤 일행과 합류할 기회를 엿본다. 밤 일행은 숨겨진 층의 진실과 박 브리더의 계략을 파악하고, 격리구역의 데이터 인간들이 모두 죽었다는 사실을 알게 된다. 이후 다음 스테이지에서 군 에드안의 데이터와 만날 수 있는 최단 루트를 선택한다.

일행은 군 에드안의 데이터를 만나기 위해 A팀과 B팀으로 나뉘어 각각 ‘차가운 대지’와 ‘달콤한 성’ 스테이지로 이동한다. 차가운 대지에서 일행은 박 브리더의 그랜드 퀘스트를 돌파하려 하지만 건물의 강도와 전류 때문에 막히고, 박 브리더는 퀘스트 공략법을 알려주겠다고 제안한다. 한편 숨겨진 스테이지에 침입자가 나타났다는 사실을 에드안에게 알린다.

일행은 기둥 자체를 부수는 대신 기둥을 받치는 땅을 파괴해 챔피언 빌런을 쓰러뜨리는 그랜드 퀘스트 공략법을 세운다. 밤 일행은 빚 브리더에게 들키지 않도록 팀을 나눠 각자의 퀘스트를 진행하고, 숨겨진 스테이지에서 괴물 드래곤과 맞선다. 이후 유한성은 군 에드안에게 빚 브리더와 자하드 왕의 데이터와 싸워 달라고 요청한다.

일행은 브리더를 속이기 위해 키스트를 깨고 이동하며 그랜드 키스트를 모두 클리어하려 한다. 방어력이 높은 빌런과 맞닥뜨리자 엔도르시가 나서고, 이카루스가 나타나 이를 돕는다. 이후 군 마르코 아센시오가 자신을 소개하며 에드안에게 일행을 데려가겠다고 한다.

밤 일행은 빛 브리더의 계획을 방해하려는 인물과 협력해 동료를 찾고 숨겨진 층을 빠져나가기로 한다. 그러나 빛 브리더의 공격으로 돌장군과 번개의 비가 나타나고, 일행은 도망치던 중 빛 브리더의 균형을 맞추기 위해 만들어진 숙적과 합류한다. 마지막에는 박 브리더의 ‘적’ 본체가 드러나며 아게로가 분노한다.

숨겨진 스테이지를 추적하던 일행은 스테이지를 계속 클리어하며 동료를 찾기로 하고, 데이터 관리 측은 ‘그것’을 지키고 자하드의 위치를 숨기기 위해 개입을 경계한다. 이후 일행은 스테이지 7을 클리어하지만, 키세아가 미생을 인질로 삼아 아게로에게 결투를 요구하자 아게로는 동료들을 출구로 보내고 홀로 그녀와 맞선다.

키세아는 데이터 세계에서 오라버니인 밤을 공격하지만, 밤은 인질을 구하기 위해 등대를 활용해 그녀를 속이고 출구 좌표를 확보한다. 부상을 입은 밤은 동료의 치료를 받고 다음 스테이지로 향하며, 한편 어린 군 에드안의 데이터는 자하드가 예전과 달라졌다고 말하고 특별한 힘을 쓰는 밤을 직접 확인하려 한다.

일행은 박 브리더의 영역인 마을에 도착해 동료를 찾기 위해 흩어진다. 엔도르시는 숙적 키세아와 자신의 과거를, 라크는 엔도르시의 숙적에 관한 이야기를 털어놓는다. 한편 밤은 마을에서 정체불명의 존재를 만나고, 그 존재는 자신을 자하드라고 밝힌다.

밤은 지옥열차에서 자하드의 데이터와 대면하고, 자신이 어디서 왔는지 모른다고 밝힌다. 자하드는 아를렌 그레이스에 관한 질문을 부정한 뒤 밤을 공격하며, 정체를 밝히지 않으면 동료들을 사라지게 하겠다고 위협한다. 도중에 유라와 도르시가 나타나고, 자하드는 더 강한 공격을 준비한다.

에드안의 데이터와 자하드의 데이터가 대치하는 가운데, 에드안 일행은 거울을 통해 동료들을 탈출시키려 하지만 자하드의 데이터가 이를 막고 동료들을 인질로 삼는다. 자하드의 데이터는 검은 머리 선별인원(밤)을 한 달간 수련시켜 자신을 이기게 하겠다는 내기를 제안하고, 승리하면 동료들을 보내고 패배하면 모두의 정보를 넘기기로 약속한다.

자하드의 데이터는 한 달 뒤 대결을 제안하며 밤 일행의 동료들을 인질로 삼고, 자신이 유라의 쌍둥이 동생 몸을 빼앗은 박 브리더라고 밝힌다. 유라는 숨겨진 층과 어머니의 진실, 복수심을 알게 되지만 어머니의 데이터가 삭제됐다는 사실을 듣는다. 한편 자하드는 에드안의 자식들을 공격하려 한다.