숨겨진 스테이지에서 에드안은 영웅 일행을 한 달 뒤 자하드의 데이터와 대결시키겠다고 선언하고, 왕난과 이카루스를 인질로 잡았다고 알린다. 에드안은 밤에게 아버지 V와 자하드에 관한 이야기를 들려주며 신수의 성질과 장력을 익히라는 과제를 내린다. 이후 자하드 측 데이터 일행이 습격하자 동료들은 적을 나누어 상대하고 스테이지 공략에 나선다.

지옥열차 수련장에서 일행은 자신들을 추격하는 적들과 맞선다. 아센시오는 비어창술을 구사하는 적과 창술로 대결하고, 적은 강력한 공격을 퍼붓지만 결국 분신이 소멸한다. 자하드는 이를 지켜보며 일행이 곧 자신의 앞을 지나갈 것이라 판단하고 기다리기로 한다.

에드안은 밤에게 신수의 성질과 형태를 찾는 훈련을 시키고, 동료들도 함께 똑딱이를 사용해 각자의 능력을 확인한다. 한편 끝의 거울을 얻으려던 일행 앞에 이카르디 스테이지가 나타나 통행을 막고, 앞으로 나아가면 모두 죽이겠다고 경고한다.

마스체니 일행은 자하드의 데이터와 맞서기 위해 작전을 세우고, 마스체니가 직접 그에게 창을 겨눈다. 한편 라크와 동료들은 수련장에서 오브 사용법을 익히며, 라크는 자신의 힘을 거부하지 말고 자연스럽게 다루라는 조언을 듣고 공격을 성공시킨다.

지우열차에서 수련 중인 일행은 배운 기술만 사용해 숙적을 상대하라는 지시를 받고 전투에 들어간다. 자하드의 공주는 데이터 상태의 강자와 싸우며 목숨을 걸고 공격하고, 이화 일행은 서로의 숙적과 맞붙는다. 전투 중 상대가 기술을 인정하고 새로운 기술을 사용하려는 순간, 이화 일행 앞에 숙적들이 나타난다.

신수로 만든 오브를 이용한 전투에서 한 인물이 빠르게 날아다니는 상대를 공격하고, 돌을 만들어내는 능력으로 맞선다. 이후 마리아가 수업을 빼먹은 인물을 찾아와 시험 제명 가능성을 경고하고, 한 인물은 얼음의 신수를 창에 주입해 자신의 창을 만들며 능력을 각성한다.

한 인물이 거대한 힘을 각성해 제어하며 상대의 공격을 막고, 이곳의 모든 것까지 조종할 수 있을 것 같다고 말한다. 이후 그는 자신을 숙적으로 착각한 상대와 맞붙어 공간을 제한하는 기술에도 대응하며 우세를 보인다. 한편 다른 인물들은 숙부와 가문의 문제를 둘러싸고 대립하고, 전투 중 동료가 부상을 입은 듯한 상황이 발생한다.

자하드의 데이터는 목숨을 걸고 싸우는 상대를 인정하고, 이제 전투에 전력을 다해 임하겠다고 선언한다. 한편 동료들은 끝의 거울이 이미 사라졌다는 사실을 알게 되고, 전투 중 밤에게서 계속 커지는 힘이 나타나자 자하드의 데이터를 이길 가능성을 기대한다.

밤 일행은 돌을 먹고 변한 악어가 네이티브원의 힘과 유사한 변화를 보이는 것을 확인한다. 한편 밤의 숙적으로 나타난 외로운 모습은 FUG가 만든 가짜라며 자신이 겪은 고통과 희생을 호소하지만, 밤은 그 존재가 자신의 외로움이 실체화된 것임을 깨닫고 다시 함께 돌아가자고 설득한다. 숙적은 사라지고 일행은 다음 준비를 시작한다.

밤 일행은 거울의 조각을 회수하고, 변수로 등장한 밤이 자하드의 데이터와 대결하는 상황을 정리한다. 밤은 얼음 창을 만들어내는 데 성공한 뒤, 에드안의 지도로 레볼루션 수련에 들어가며 그 힘이 자신을 죽일 수도 있다는 경고에도 도전한다. 한 달 후, 자하드의 데이터와의 결전을 하루 앞둔다.

대결 당일, 자하드는 에드안의 힘으로 봉인된 공간에서 수련 중인 일행을 확인하고 그들을 데려오게 한다. 밤과 에드안은 자하드가 있는 최상층으로 향하고, 다른 일행은 별도 승강기에 탑승한다. 결투장에서 화이트와 이카루스는 코어 파괴와 탈출을 조건으로 밤에게 대결을 제안한다.

주인공은 데이터 자하드와 맞서 싸우며 이전보다 크게 성장한 힘과 속도를 보여 준다. 그는 자신의 운명과 타인의 원수·숙원을 위해 살아가는 존재인지 고민하고, 내면에서 자신을 타인에게 정의받지 말라는 말을 듣는다. 이후 화이트와 일행이 나타나 싸움을 멈추고 함께 행동하자고 말한다.

우렉 마지노가 남긴 데이터로 인해 숨겨진 층에 오류와 버그롭이 생겼고, 시스템은 인간에 가까워진 자신을 설명하며 끝의 거울을 이용해 인간이 되어 탈출하려는 계획을 밝힌다. 일행은 동료와 라헬이 인질로 잡힌 가운데, 천청을 버그롭으로 유인해 파괴하고 탈출하려는 제안을 받아들인다.

밤은 자하드의 데이터와 계속 싸우며 오브에 신원류를 담아 공격을 막고, 본능적으로 신수를 흩어 보호막을 만드는 새로운 방어를 보여준다. 자신의 과거와 존재 이유를 좇던 밤은 결국 자신이 남긴 것이 자신을 증명한다는 답을 얻고, ‘저다운’ 힘으로 다시 공격에 나선다.

밤이 갑자기 강대한 힘을 발휘하자 자하드의 데이터는 그를 진정한 적으로 인정하고 개전의 바늘을 사용한다. 일행은 과거를 비추는 천칭을 이용해 레칼리구스를 유인하려 하지만, 전투 중 레칼리구스가 사라지고 밤은 주변의 변화를 감지하며 코어를 찾아 전투를 끝내려 한다.

밤은 적의 강력한 충격파 공격을 받아 크게 다치고, 남은 코어 하나를 지키기 위해 새로운 신수제어술과 날개 형태의 힘을 발현한다. 그는 자하드의 운명을 깨부수겠다고 선언하며 맞서고, 일행은 공간을 복사하는 과정에서 발생한 오류를 이용해 탈출한다. 한편 라일은 과거 밤을 살리는 척하며 심장에 폭탄을 심었다고 밝힌다.