밤은 주변 데이터를 이용해 신수를 지배하는 힘을 발휘하고, 자신의 힘으로 망가진 팔을 재생시킨다. 데이터 세계의 지배자는 밤의 새로운 힘과 세 개로 늘어난 공격에 흥미를 느끼며 대결을 이어가고, 한편 다른 인물은 버그가 발생한 공간에 끌려와 그 정체를 묻는다.

유라와 동행자는 코어를 둘러싼 싸움에서 승리하고, 유라는 바깥의 자하드가 맡긴 물건을 동행자에게 넘긴다. 이후 라헬은 자신의 원래 몸을 버리고 복사한 강한 모습으로 바깥에 나가려 하며, 거울을 이용해 탈출을 시도한다. 그러나 천장이 무너지면서 바깥의 자하드의 힘이 개입하고, 라헬 일행은 그 힘을 봉인한 열쇠를 받는다.

데이터 세계를 무로 되돌리는 약 ‘포패’를 가진 인물이, 강대한 데이터 존재에게 약을 먹이고 팔찌를 빼앗아 밤에게 전달하자는 계획을 세운다. 일행은 그 존재에게 틈을 만들기 위해 싸우지만, 바깥과 연결되는 문이 열리고 자하드로 보이는 인물이 나타나 상황이 급변한다. 이후 한 인물이 밤과 동료들을 모두 죽이겠다고 선언한다.

데이터 세계가 급속히 삭제되기 시작하자 일행은 끝의 거울을 통해 탈출하려 한다. 한편 자하드는 소년을 돕는 대가로 동료 중 한 명을 죽이라는 거래를 제안받고, 소년을 새로운 모험으로 받아들이며 운명에 맞서기로 한다.

유한성과 에드안의 약속대로 가상 세계가 무로 돌아가고, 밤 일행 일부는 지옥열차로 이동한 뒤 현실로 돌아온다. 한편 자하드의 제단에 오랜만에 세 가지 명령이 내려오며, 지하열차의 모든 인원과 포 비더 가문 등을 멸하라는 내용이 공개되어 전쟁이 선포된다.

자하드의 제단에 세 가지 명령, 즉 FUG와 지옥열차 인원, 포비더 가문을 제거하라는 지시가 전달된다. 제사장들은 명령을 대외비로 처리하고 신입 행커에게 책임을 떠넘겨 사형선고를 받게 하지만 그를 빼돌린다. 한편 지옥열차에서는 일행이 정체불명의 힘으로 탈출하고, 마지막에 마스체니는 전쟁이 시작될 것이라 알린다.

마스체니 자하드는 전쟁이 시작될 것이라고 선언하고, 자하드 왕가는 하이랭커를 상대로 결전병기 ‘엘 로비나’를 발사한다. 한편 숨겨진 층에서 큰 충격을 받은 문은 스스로 몸을 얼려 생명을 연장한 상태로 발견되고, 베타는 열차와 숨겨진 층에서 일어난 일을 설명한다. 밤은 라크가 라헬을 만나러 가는 것을 막기 위해 직접 나서려 한다.

밤이 깨어난 가운데, 라크는 라헬을 직접 찾아가 데려가려 한다. 라헬은 밤과의 내기와 힘을 잃고 다시 초라해진 자신을 한탄하며 세상의 불공평함을 토로하고, 그 앞에 화이트가 나타나 라헬의 영혼을 먹겠다고 위협한다. 마지막에는 밤이 라헬의 위기에 반응해 깨어난다.

밤은 라헬을 찾아와 문을 죽인 것에 대한 복수를 선언하고, 라헬은 자신이 정당하게 경쟁했을 뿐이라며 맞선다. 두 사람의 대결 중 자하드 측의 명령이 전해져 비올레를 둘러싼 군 병력이 움직이고, 시험 감독관에게 비선별인원의 정체를 숨기고 사망을 조작한 죄로 사형이 선고된다.

라헬과 일행의 전투에서 라헬 측에 인원이 늘어나고, 길잡이의 지원으로 전황이 바뀐다. 밤은 라헬에게 사람들을 해치고 속이는 이유를 묻고, 다시 소중한 사람들 앞에 나타나면 죽일 수도 있다고 경고하며 결별을 선언한다. 이후 한성이 시험의 층으로 돌아온 듯한 장면에서 에반켈의 지배자가 그를 맞이한다.

시험의 층 지배자 에반켈은 칼라반의 부하 텅커올체 일행이 부하를 해치려 하자 맞서 싸운다. 관리자는 소란을 일으킨 에반켈 일행을 해고하고 위프게이트로 이동시키며, 한편 라헬은 화이트에게 밤의 정체와 운명을 암시한 뒤 도망친다. 몇 개월 후 마지막 정거장으로 향하던 일행은 먼저 도착한 누군가를 발견한다.

일행은 마지막 정거장으로 향하는 가문 지원 선별인원들을 발견하고, 그들의 목적을 조사하기로 한다. 한편 동료들은 얼어붙은 동료를 깨울 방법을 찾기 위해 연 가문 출신 인물과의 만남을 추진한다. 화이트의 마지막 분신이 사라진 가운데, 자하드군은 열차와 FUG 협력자들을 토벌하기 위해 출동한다.

자하드군은 마지막 정거장에 주둔하며 열차 탑승 선별인원들을 넘기라고 지배자 리사움에게 명령한다. 비올레 일행은 정거장에서 벌어질 위기에 대비해 팀을 이끌 준비를 하고, 리사움은 명령 수용을 둘러싸고 딸 리소용과 충돌한 끝에 그녀의 지배자 권한을 박탈한다. 열차가 예정보다 일찍 도착하자 자하드군과 화이트 일행이 각각 움직이기 시작한다.

지옥열차가 예상보다 빠르게 마지막 정거장에 도착하자 일행은 군을 데리고 탈출할 A조와 먼저 빠져나갈 B조로 나뉘기로 한다. 정거장 측에서는 열차를 막기 위해 도크를 닫으려 하지만, 내부 인물이 이를 거부하고 결국 도크가 닫힌 뒤 화이트가 열차 문을 열고 나타나 자신을 FUG의 슬레이어이자 열 번째 권좌의 화이트라고 선언한다.

FUG의 슬레이어 화이트를 자칭하는 인물이 열차에 나타나 전투가 벌어지고, 그의 공격으로 열차가 멈춘다. 자하드군은 열차에 병력을 투입하려 하지만 내부에서 또 다른 하이 랭커가 등장하고, 곧 유리 자하드 공주가 13월 무기를 들고 나타나자 전군이 그녀에게 무릎 꿇는다.

자하드군이 마지막 정거장에 나타나 카라카를 토벌하겠다고 선언하지만, 유리는 군대에 후퇴와 대기를 명령한다. 호아퀸은 아버지와 대치한 뒤 다시 그를 베겠다고 다짐하고, 비올레 일행은 병력 분산을 틈타 정거장 안의 은색 난장이를 찾아 이동한다. 전투가 이어지는 가운데 연결부가 해제되며 열차가 추락하기 시작한다.