이화는 열차에 타겠다는 각오를 밝히고 일행과 함께 이동한다. 카라카와 유리 자하드 일행의 전투에서 카라카가 암흑세계로 공격을 흡수·반사하자, 유리는 크라노스를 시동해 정면으로 맞선다. 엔도르시는 부상자들을 봉봉으로 대피시키고, 이화 일행은 열차로 향한다.

FUG의 슬레이어 카라카가 동료들을 인질로 잡고 밤을 막아서자, 밤은 동료들을 살리기 위해 모습을 드러낸다. 엔도르시 일행은 카라카의 시선을 돌려 밤과 화련을 열차로 보내려 하지만, 유리 자하드의 신수 제어술로 거대한 충격파가 발생해 일행이 흩어진다. 카라카는 밤을 놓쳤으나 자신과 같은 반지를 낀 인물이 살아 있음을 알아낸다.

왕난 일행은 호아퀸의 부하가 되어 카사노를 찾을 기회를 얻는다. 왕난은 카사노에게 억제 약물을 주사하고 설득하려 하지만 제압당하고, 동료들의 도움과 가짜 포켓을 이용한 작전으로 카사노를 봉인해 데려가는 데 성공한다.

라헬 일행은 호아린과 협력해 왕난 일행을 함정에 빠뜨리고, 호아린은 카사노의 비밀번호를 알아내 왕난과 미생을 위협한다. 호아린이 둘 중 한 명을 먹겠다고 하자 아크랩터는 자신을 대신 희생해 미생을 살려 달라고 요청하고 죽음을 맞는다. 이후 호아린은 프린스도 먹었다고 밝힌다.

왕난은 프린스와 아크램터를 구하지 못한 일을 자신의 무능과 무모함 탓으로 자책하고, 꿈속에서 니아의 비난과 동료들의 죽음을 마주한다. 한편 라헬 일행은 왕난과 라헬을 인질로 데려가 죽음의 층에 진입할 계획을 세우고, 카사노는 감정을 버리고 무기가 되라는 충고를 듣는다. 마지막에 왕난은 가디언들의 신에게 신이 되는 방법을 가르쳐 달라고 청한다.

밤은 동료들을 지키기 위해 신과 같은 힘을 얻고 싶다고 말하지만, 가디언의 신은 힘의 사용이 중요하다며 수련을 제안한다. 밤 일행은 승탑 시험을 통과하고 죽음의 층으로 향하며, 라헬은 왕난에게 그의 정체와 반지의 비밀을 밝히고 자하드의 세상을 무너뜨리기 위해 손잡자고 제안한다.

40층 버섯 농장 정거장에 도착한 일행 앞에 화가 호크니가 나타나 지옥열차에 탑승한다. 호크니는 도난당한 그림 ‘붉은 빛’을 찾기 위해 열차에 남겠다고 밝히고, 라헬은 그가 죽음의 층 출신이라는 점을 이용하려 한다. 한편 왕난은 동료 미생이를 살려주는 조건으로 라헬과 함께 탑을 오르기로 한다.

왕난은 호량을 살리기 위해 카사노 일행과 함께 탑을 오르기로 하고, 미생에게 카사노와 열차를 빠져나가라고 권한다. 그러나 미생은 왕난을 따라가겠다고 고집하며 동행하고, 왕난의 제안을 전해 들은 카사노와 라헬 측은 호량을 살리고 죽음의 층에서 협력하는 조건으로 일시적인 동맹을 맺는다.

밤은 신원류를 익힌 뒤 몸 상태가 좋지 않은 가운데 42층 승탑 시험에 도전해 통과하고, 아게로·엔도르시 등도 시험을 통과한다. 일행은 죽음의 층 출신인 호크니에게 그곳의 위험과 문지기 괴물에 대한 경고를 듣지만, 결국 열차를 타고 죽음의 층에 도착한다. 호크니는 붉은 풍경이 시체와 피로 가려진 진짜 죽음의 층이며 그 안으로 들어가야 한다고 설명한다.

일행은 에밀리에게서 왕난 일행이 열차 어딘가에 숨어 있으며 카사노가 호량을 구하기 위해 배신했다는 소식을 듣고, 가시의 조각에 관한 단서도 얻는다. 그러나 카라카가 나타나 일행을 습격하고 죽음의 층 안으로 끌고 가려 하자, 비올레와 에반이 저항해 일행을 구한다.

밤 일행은 카라카의 공격을 견뎌낸 뒤 죽음의 층으로 향하는 통로에 진입하지만, 해류에 휩쓸리며 밤·화련과 다른 일행이 서로 떨어진다. 밤은 정신을 잃은 채 표류하고, 다른 일행은 관리자 사체로 보이는 통로에서 그를 찾지 못한 채 라헬과 에밀리의 움직임을 우려한다. 한편 호크니는 과거의 동료와 재회하고, 마지노 일행도 죽음의 층으로 향한다.

일행은 연가문의 불꽃이 발휘한 힘 덕분에 유리 자하드의 공격에서 살아남았지만, 구조된 사람은 둘뿐이며 라크의 행방은 확인되지 않는다. 죽음의 층에 도착한 호크니는 잃어버린 조각을 찾기 위해 사우스 시티로 향하고, 엔도르시 일행은 문지기 괴물과 싸운다. 괴물의 본체가 드러나자 엔도르시는 새로운 기술을 시험하려 한다.

에반은 등대를 개조한 엔냐 코어로 미스터리 서클을 가동해 적의 공격을 가두고, 돌진하는 힘을 이용해 상대를 원하는 곳으로 순간이동시키는 레드 크리스털을 선보인다. 일행은 죽음의 층 입구에 도착하지만 최후의 문지기 리치 동크가 산 자의 출입을 막고 영혼을 빼앗으려 하며, 거충 안에 숨어 있던 호크니 일행도 발각될 위기에 놓인다.

밤과 호크니는 죽음의 층 입구에서 최후의 문지기에게 영혼을 바치라는 요구를 받지만, 문지기는 두 사람 안에 산 자가 있다며 입장을 거부한다. 밤은 자신의 여러 영혼과 신수를 이용해 문지기의 신수 죽창을 한 방에 파괴하고, 가람의 명령으로 두 사람은 산 채로 안쪽에 들어가게 된다.

가람 자하드는 일행에게 죽음의 층에서 영혼을 가진 채 머물 수 있는 기간이 일주일뿐이라고 경고한다. 그녀는 코트를 입은 소년에게 자신이 자하드의 공주이며 그의 존재에 관한 진실을 알고 있다고 밝히고, 화련의 부탁에 따라 사우스 시티의 지배자 명왕을 퇴치해야 한다는 사실이 제시된다.

죽음의 층에서 카라카 일행은 헬 조가 FUG와 함께 가시의 마지막 조각을 찾고 있음을 밝히고, 밤을 보호하기 위해 헬 조를 제거해 달라고 요청한다. 헬 조는 카라카와의 약속 이행을 거부하고 침입자들을 잡아오라고 명령한다. 한편 자하드의 공주와 엔 자하드의 비극적인 과거, 자하드의 첫사랑 아를렌 그레이스에 관한 이야기가 전해진다.