김독자는 하데스가 다스리는 명계에 영혼으로 들어가 심판관들의 눈을 피해 지상으로 돌아가야 하는 A+급 시나리오를 받는다. 그곳에서 죽은 김남운과 재회하고, 신유승의 영혼을 찾아야 한다는 사실을 확인한 뒤 거신병 제작 현장으로 끌려간다.

김독자는 명계의 감옥에서 자신을 찾아온 불법 침입자로 지목당하고, 심판관들의 수색을 피해 탈출할 방법을 모색한다. 그는 거신병 플루토를 가져가겠다고 선언하고, 기간토마키아에서 하데스 측이 패배할 것과 플루토 완성법을 알고 있다고 경고하지만 영멸 위기에 놓인다. 결국 ‘명계 산책’ 히든 시나리오가 발동되어 12시간 안에 지상으로 돌아가야 한다.

김독자는 비형 대신 파견된 하급 도깨비 영기와 함께 하데스의 궁전에 도착한다. 그곳에서 명계의 여왕 페르세포네를 만나고, 그녀가 첫 번째 시나리오에서 김독자가 구하지 못했던 할머니의 모습으로 나타났음을 알게 된다.

김독자는 명계의 여왕에게 누군가의 영혼을 되찾고 싶다며 거래를 제안한다. 여왕은 영혼은 존재하지 않고 이야기의 덩어리만 남는다고 거절하지만, 김독자는 스틱스 강에 맹세를 요구하며 물러서지 않는다. 이후 여왕이 ‘특이점’이라 부르자 김독자는 그녀가 공개되지 않은 정보를 알고 있음을 깨닫는다.

김독자는 명계에서 페르세포네에게 자신이 보여줄 새로운 이야기를 대가로 도움을 요청한다. 페르세포네는 그의 과업으로 ‘뱀의 머리를 베어 오라’고 명하고, 김독자는 여섯 번째 시나리오 무대에서 그 뱀을 찾아 처치하기로 한다. 한편 하데스와 페르세포네는 김독자를 둘러싼 성좌들의 움직임을 이야기한다.

김독자는 세계선을 넘어 신유승을 만난다. 오랜 세월 고통받은 신유승을 구하겠다고 약속한 그는 페르세포네의 경고를 듣고 출구로 향하며, 신유승을 되찾을 시간이 얼마 남지 않았음을 알게 된다. 이후 여섯 번째 메인 시나리오 ‘뱀 사냥’이 제시된다.

김독자는 쓰러졌다가 깨어나 동료들과 여섯 번째 메인 시나리오 소식을 듣는다. 용산역에 모인 생존자들 앞에서 전일도는 이번 시나리오가 지원자만 참여할 수 있다고 설명하고, 김독자를 왕 없는 세계에 남겨진 왕들이 기다리는 곳으로 데려가려 한다.

서울의 왕들과 세력 대표들이 여섯 번째 시나리오에 참가할 대표 선출을 위해 모인다. 참가 인원이 제한되자 각 왕은 자신의 세력을 앞세우려 다투고, 김독자는 이 자리가 시나리오 주도권을 둘러싼 자리임을 파악한다. 이후 여섯 번째 시나리오의 공지가 공개된다.

유중혁은 다음 시나리오 참가 명단을 발표하고, 김독자·이지혜·이현성·정희원·이길영 등이 지명된다. 명단에 들지 못한 일행이 반발하는 가운데, 김독자는 유상아와의 키스 소문을 부인한다. 이어 여섯 번째 메인 시나리오의 목표가 뱀 사냥임이 공개된다.

김독자는 유중혁이 동료의 성욕과 군기를 문제 삼을 것이라고 현성과 성좌에게 설명하고, 남은 인원 중 네 명을 대장전으로 정하자고 제안한다. 이후 김독자는 아이와 함께 다음 장소로 향할 인원을 정하고 민지원은 제외한 뒤, 다음 시나리오를 위해 죄수복을 입은 옛 지인에게 도움을 청한다. 두 사람은 과거의 도움과 김독자가 읽은 소설에 대해 대화하고, 다음 시나리오의 ‘뱀 사냥’ 정보가 제시된다.

김독자는 어머니 이수경과 대화하며, 그녀가 가정폭력과 도박을 일삼던 아버지를 살해해 복역했고 출소 후 에세이를 썼다는 사실을 확인한다. 그는 이수경에게 죄수번호 406번 할머니를 빌려 달라고 요청하고, 친구들을 소개하는 조건으로 승낙받는다. 이후 김독자 일행에게 ‘뱀 사냥’ 메인 시나리오가 부여된다.

유상아는 어머니의 범죄와 자신의 삶이 이야기로 소비된 고통을 털어놓지만, 김독자에게 한 말 중 일부가 거짓말이었다고 밝힌다. 일행은 용산역에서 크리스틱을 통해 다음 시나리오로 이동할 준비를 하던 중, 공필두와 한수영이 오류로 먼저 진입해 참가 인원이 10명에서 8명으로 줄었다는 공지를 듣는다. 이후 메인 시나리오 5 ‘버려진 세계’와 목표물 사냥 하위 시나리오가 시작된다.

시나리오 오류로 투입 인원이 조정되고, 독자는 다섯 개의 호부를 모아 자격을 증명한 뒤 워프 크리스털로 새 메인 시나리오에 진입한다. 정희원과 유상아는 2차 할당에 남고, 독자는 할머니와 함께 숲에 도착해 약화된 적들과 마주친다. 이후 메인 시나리오와 ‘뱀 사냥’ 하든 시나리오가 제시된다.

한국과 일본 참가자들은 행성 ‘피스 랜드’에서 주민들을 공격하며, 이 세계의 지배종을 멸절해야 하는 메인 시나리오를 부여받는다. 미치오 쇼지는 주민 학살을 막으려 하지만 다른 참가자들과 충돌하고, 김독자 일행은 그가 ‘정의로운 겁쟁이’ 특성을 지닌 인물임을 확인한다.

피스 랜드에서 작은 존재들과 길레미업의 전투가 벌어지고, ‘재앙의 길’ 선택자들에게 추가 버프와 개연성 제약 완화가 적용된다. 김독자는 같은 재앙을 직접 죽이면 페널티를 받을 수 있어 공격을 자제하고, 유승아가 두 적을 상대하는 동안 전투를 신속히 끝내려 한다.

신유승은 일본의 초기 투입자 마루아마 렌이치와 아마노 고로의 공격을 받지만, 늑대들을 길들여 반격한다. 전투 중 1차 시나리오 페널티로 능력이 약화되었으나, 신유승은 혼자 싸우겠다고 나서 결국 정체불명의 재앙을 처치한다.