김독자는 10년 넘게 유일한 독자로 읽어 온 인기 없는 소설 《멸망한 세계에서 살아남는 세 가지 방법》의 3,149화를 마침내 완독한다. 완결을 본 날 소설 속 세계가 현실이 되고, 그는 자신이 그 세계의 결말을 아는 유일한 독자임을 깨닫는다.

계약직 사원 김독자는 10년 넘게 읽어 온 소설 《멸망한 세계에서 살아남는 세 가지 방법》의 마지막 화를 기다리며 퇴근길 지하철에서 유상아와 대화한다. 소설 작가 tls123에게서 유료화와 특별한 선물에 관한 메일을 받은 직후, 오후 7시 지하철에서 비명이 터지고 ‘메인 시나리오’가 시작되며 그의 일상이 바뀐다.

급정거한 지하철 객실에 정체불명의 도깨비가 나타나 이곳이 영화나 꿈, 현실이 아니라고 선언한다. 도깨비는 승객들에게 돈 대신 생명체를 죽여야 하는 메인 시나리오를 제시하고, 제한 시간 30분 안에 하나 이상을 죽이지 않으면 사망한다고 알린다.

지하철 객실에 메인 시나리오 ‘가치 증명’이 시작되고, 승객들은 제한 시간 안에 생명체를 죽이지 않으면 사망한다는 통보를 받는다. 독자는 이 상황이 자신이 읽던 소설과 같음을 확신하지만, 예상과 달리 이현성이 먼저 등장하고 정체불명의 도깨비가 시나리오를 강행해 객실 안에서 살육이 벌어진다.

김독자는 소설과 현실의 전개가 달라지고 있음을 깨닫고, 전달받은 소설 파일을 읽으며 전용 특성의 효과로 빠르게 내용을 파악한다. 3807호 칸에서는 김남운이 생존을 위해 누군가를 죽여야 한다고 주장하며 사람들을 몰아붙이고, 김독자는 유상아를 말린 뒤 움직일 순간을 기다린다. 곧 ‘가치 증명’ 시나리오가 시작되어 제한 시간 안에 생명체를 죽이지 않으면 사망한다는 조건이 제시된다.

주인공은 김남운과 군중이 할머니를 죽이려는 상황에서, 시나리오 조건이 인간이 아닌 생명체 하나를 죽이는 것임을 알려준다. 그는 곤충을 잡아 죽여 ‘최초의 살해’ 업적과 보상을 얻고, 이후 김남운의 위험한 성향을 파악한 뒤 그의 팀 결성 제안을 받는다.

김독자는 김남운과 맞서 그의 공격을 피하며 시간을 버틴다. 김남운이 할머니를 죽여 시나리오를 클리어하지 못하도록 독자는 전용 스킬 ‘전지적 독자 시점’을 발동해 반격하고, 곤충의 알에 대한 질문으로 김남운을 속여 쓰러뜨린다. 이후 코인을 체력에 투자해 내구도를 높이지만 제한 시간이 끝나며 메인 시나리오가 종료된다.

첫 번째 메인 시나리오가 종료되고, 김독자를 비롯한 5명이 생존한다. 김독자는 124마리의 생명체를 죽여 보상과 ‘대량 학살자’ 업적을 얻고, 성좌들의 관심이 쏠린 가운데 이길영을 동행자로 선택한다. 이후 도깨비는 성좌의 후원과 다음 시나리오를 설명하며 생존자들을 위협한다.

유상아를 비롯한 생존자들에게 성좌 후원자 선택이 진행되고, 김독자는 네 선택지를 검토한 뒤 선택을 마친다. 이후 일행은 ‘가치 증명’ 시나리오와 사망 조건을 확인하고, 김독자는 다음 시나리오 전에 열차를 빠져나가야 한다고 주장한다. 철문 너머의 생존자를 만나려 하지만 출입구 대부분이 고장 난 상황이다.

김독자는 이현성에게 전용 스킬 ‘태산 밀기’를 사용하게 해 철문을 부수고 일행과 함께 옥수역으로 달린다. 탈출 시나리오가 시작된 뒤 다리가 무너지기 직전 시나리오 난도가 올라가고 좀비들이 나타나며, 일행은 옥수역에 진입한 후 몸을 피한다.

끊어진 다리 너머에 한명오와 유상아가 남자, 성좌의 가호로 짝수 인원만 건널 수 있는 빛의 다리가 만들어진다. 독자는 마인 김남운과 맞서기 위해 책갈피 스킬로 김남운의 힘을 빌려 위기를 넘기지만, 사용 시간이 끝난 뒤 탈출 서브 시나리오가 시작된다.

김독자는 회귀자 유중혁과 대치하고, 유중혁은 그가 지하철에서 어떻게 살아남았는지 추궁한다. 김독자는 폭발과 곰충 채집망 덕분에 살아남았다고 설명하지만, 유중혁은 그의 비정상적인 적응과 김남운의 죽음에 의문을 품는다. 유중혁의 현자의 눈은 김독자의 제4의 벽에 막히고, 두 사람에게 끊어진 다리를 건너 옥수역으로 탈출하라는 서브 시나리오가 제시된다.

화자는 ‘제4의 벽’으로 유중혁의 ‘현자의 눈’을 막고, 회귀자인 유중혁에게 자신이 미래를 아는 독자라며 동료가 되자고 설득한다. 유중혁은 조건부 협력을 요구하고, 화자는 이를 받아들인 뒤 빛의 다리를 함께 건너지만 시나리오 클리어에는 실패한다.

김독자는 괴물에게 먹힌 뒤 위산이 분비되기 전 탈출해야 하는 상황에 놓인다. 그는 유중혁이 자신을 시험하고 있다고 판단하고, 도깨비 비형과 협상해 코인으로 목숨을 보전하려 하지만 요구받은 5100코인이 너무 많아 대립한다. 이후 김독자는 비형에게 도깨비들의 왕으로 만들어주겠다며 계약을 제안한다.

비형은 배후성이 없는 독자와 스트림 전속 계약을 맺어 ‘유희 찾기’와 ‘화신 찾기’ 성좌들을 동시에 끌어들이려 한다. 독자는 시나리오를 클리어하면 계약 조건을 논의하겠다고 선을 긋고, 비형의 도움으로 캐시 상점에서 아이템을 구매한 뒤 ‘어동의 위산’에서 탈출하는 새 시나리오에 돌입한다.

김독자는 스톤 호그의 가시와 망치 해마의 점액을 이용해 어홍을 처치하고 시나리오를 종료한다. 이후 도깨비 비형과 스트림 계약을 맺어 계약금 5천 코인을 받고, 제4의 벽으로 비형의 시스템 간섭을 막는다. 곧 두 번째 메인 시나리오 지역에 진입하지만 오염된 대지와 냉독 안개에 노출된다.