김독자는 오염된 지상에서 금호역 지하 대피소로 이동하지만, 부상자를 데려왔다는 이유로 입구에서 거부당한다. 그는 부상자에게 오염을 중화하는 아이템을 건네고, 대피소 사람들을 위협하는 방철수를 제압한다. 이후 현상금 시나리오가 종료되자 김독자는 자신을 그들이 있는 곳으로 안내하라고 요구한다.

김독자는 금호역 생존자들과 재회하고, 유중혁이 이미 역을 떠났다는 사실을 알게 된다. 금호역은 천인호가 이끄는 주류 그룹과 소외 그룹으로 나뉘어 있었으며, 천인호는 김독자에게 자신의 그룹에 합류하라고 제안한다. 김독자는 이를 거절하고 식량을 모든 생존자에게 공평하게 나누며 주류 그룹의 독점을 흔든다.

김독자는 식량을 코인으로 판매해 주류 그룹의 독점을 깨려 하지만, 천인호는 선동 스킬로 사람들을 움직여 식량을 다시 거래하게 만든다. 이후 도깨비가 나타나 비축 식량을 없애고 매일 10코인의 생존비를 요구하는 새 메인 시나리오를 시작한다.

생존비라는 새 페널티가 부과되어 매일 자정까지 비용을 내지 못하면 사망하게 된다. 김독자는 지상 정찰 대신 일행과 역 사이 터널의 괴수인 땅강아지를 사냥하고, 서브 시나리오를 통해 식량과 마일리지를 얻는다. 이길영의 곤충 교감과 일행의 협력으로 사냥에 성공하지만, 이현성은 김독자가 상황을 아는 이유를 묻기 시작한다.

김독자는 이길영과 함께 땅강아지들의 보물 창고로 향하고, 자신이 괴물에게 유상아와 다른 일행을 일부러 빼앗기게 한 이유를 설명한다. 두 사람은 보물 창고에서 어둠 파수꾼과 마주치며 서브 시나리오가 시작되고, 이길영의 능력으로 벌레들을 처리하지만 어둠 파수꾼의 공포에 위기에 처한다.

유상아의 통역으로 악마종 괴물이 한명오를 숙주로 삼으려 한다는 사실이 드러난다. 김독자는 도깨비에게 거래소 아이템 ‘부러진 신념’을 받아 ‘신념의 칼날’을 발동하고, 책갈피로 무기 연마 능력을 빌려 괴물의 공격을 분석하며 반격한다.

김독자는 유상아 일행과 함께 어둠 파수군을 처치하고 서브 시나리오를 클리어한 뒤, 창고에서 마력 화로와 아이템 상자를 발견한다. 상자에서 성유물급 아이템 ‘부러지지 않는 신념’을 얻지만, 귀환하려는 순간 길영이 이상 증세를 보인다.

금호역에서 지상의 고등급 괴수로 보이는 진동이 감지되자 김독자는 이길영에게 스킬 사용을 금지하고 어둠 속 이동을 멈춘다. 비형이 돌아와 생존비 납부 시간이 시작되고, 코인을 많이 가진 김독자에게 사람들이 돈을 요구하지만 그는 거절한다. 천인호의 선동으로 군중이 김독자를 공격하려 하며 갈등이 격화된다.

김독자는 천인호 일행이 사람을 죽여 코인을 얻고 강해졌다는 사실을 폭로하며, 생존자들에게 스스로 빼앗긴 것을 되찾으라고 촉구한다. 정희원은 적들과 맞서 싸우며 특성 ‘멸악의 심판자’를 개화하고 전용 스킬 ‘심판의 시간’을 발동한다. 이후 생존비와 두 번째 메인 시나리오가 공지된다.

정희원이 새 일행으로 합류한 뒤 김독자 일행은 금호역을 떠나 충무로로 향한다. 일행은 동대입구역에서 쉬기로 하고, 김독자는 홀로 지상에 나가 사명대사 동상에서 유품인 거적과 염주를 얻어 돌아온다. 이후 충무로에 가까워진 순간 새로운 서브 시나리오가 발생한다.

일행은 환영 감옥에 갇히지만, 김독자가 사명대사의 염주와 전용 스킬로 환영을 해제하고 감옥을 만들어 낸 괴물들을 처치한다. 이후 일행은 태풍여고의 생존자 이지혜를 만나고, 김독자는 그녀를 거점으로 데려가기로 한다. 메인 시나리오 #2의 첫 번째 조건인 거점 지역 생존자와의 만남이 충족된다.

충무로에 도착한 일행은 유중혁을 따르는 생존자들과 건물주 연합의 영역에 대해 듣는다. 일행이 화장실로 향하던 중 이길영이 사유지를 침범하고, 건물주 공필두가 스킬을 발동해 일행을 제지한다.

김독자 일행은 충무로 일대를 사유지로 삼은 공필두에게 머물 곳을 요구하지만, 공필두는 외부인을 거부하고 거액의 코인을 요구한다. 협상이 결렬되어 전투가 벌어지려는 순간, 김독자는 유중혁과의 관계를 내세우고 유중혁이 나타나자 공필두 측이 크게 동요한다.

김독자는 유중혁과 대면해 그의 능력과 회귀자로서의 비범함을 확인하지만, 유중혁은 협력 요구를 외면하고 떠난다. 일행은 공필두의 무장지대를 무력화하려고 그를 밖으로 유인할 방법을 논의하며, 정희원의 심판의 시간은 발동하지 않는다. 이후 3일 차 메인 시나리오가 시작된다.

세 번째 메인 시나리오에서 자정마다 몰려오는 괴물에게서 살아남기 위해 일행은 수용 인원이 많은 ‘방’을 찾아야 한다. 김독자는 다른 생존자들을 죽이고 방을 빼앗는 대신, 괴물의 이동을 이용하는 위험한 작전을 제시하고 일행에게 자신의 지시를 믿고 따르라고 한다.

괴물들이 나타난 뒤 정면으로 달려 숨겨진 ‘그림 존’을 확보하려는 작전이 시작된다. 김독자는 충무로역의 숨겨진 기능을 이용하지만 페널티로 일부 그림 존이 비활성화되고, 일행은 괴물들의 공격을 받는다. 그는 이길영을 비롯한 동료들을 구하기 위해 자신이 영웅은 아니어도 함께 살아남겠다고 다짐한다.