베타는 비올레가 친구와 힘, 자유를 빼앗았다며 격렬하게 공격하지만, 비올레는 탑에서 만난 사람들과의 추억은 자신이 노력해 지켜 온 것이라고 맞선다. 베타가 비올레와 무관한 실험의 결과라는 사실이 밝혀지고 폐기 명령이 내려오자 주변 인물들이 저항하며, 시스템 이상과 화재 속에서 비올레의 마지막 싸움이 예고된다.

카사노는 추적 장치를 이용해 연락한 인물들에게 자신의 목적이 모든 것을 부수는 것이라고 밝힌다. 비올레 일행은 재회하지만 왕난과 베타는 부상으로 치료 중이고, 아르키로에서는 에밀리의 감옥이 파괴되어 탈주 사건이 발생해 결승전이 연기된다. 로는 참가자 대기실의 포털을 이용해 동료들을 부유선으로 옮겨 탈출하려 하며, 비올레에게 결승전을 시작하자고 전한다.

선내 시스템 오류로 탈주범들이 침입하자 결승전이 중단되고, 일행은 월하익송의 부유선으로 탈출할 계획을 세운다. 리플레조가 화련을 인질로 잡고 비올레에게 동료 셋을 구하라는 결승을 제안하자, 비올레는 함정임을 알면서도 화련을 구하러 가기로 하고 동료들은 호랑과 노박을 구하는 팀으로 나뉜다.

일행은 엔도르시와 하츠가 광견의 발을 묶는 동안 인질들을 구출해 탈출하려 한다. 연구원 일마르는 베타와 사생아들을 데려가 달라고 부탁하고, 일행은 이를 수락하지만 베타가 사건을 조종했다는 사실이 드러난다. 한편 엔도르시와 아낙은 시간을 벌기 위해 맞서고, 결승전이 시작된다.

바라가브가 최강의 방어와 반격 능력을 앞세워 엔도르시를 몰아붙이는 가운데, 동료들은 인질 호량을 찾기 위해 제한 시간 안에 수색을 계속한다. 리플레조는 자신이 FUG 간부의 그림자 조각을 이어받아 일시적으로 B급 이상 힘을 낼 수 있다고 밝히며 비올레 일행에게 항복을 요구하지만, 비올레는 이를 거부하고 교전이 이어진다.

리플레조 측은 인질로 화련을 붙잡고 공방전을 강제로 진행하며, 용해액을 준비해 결전을 서두른다. 비올레 일행은 화련을 구하려 하지만 리플레조는 그림자와 융합한 힘으로 공격하고, 인질을 방패로 삼아 비올레의 약점을 공략한다. 위기에 몰린 일행은 리플레조를 쓰러뜨릴 방법을 찾는다.

에밀리는 인간을 시동무기로 만든 실험의 결과물로, 연구원들에게 이용당한 뒤 플라스크와 수조에 갇혀 있었다는 진실이 밝혀진다. 한 인물은 에밀리를 데리고 탑을 바꾸려 하지만, 다른 인물은 동료들을 두고 떠날 수 없다며 거절한다. 한편 일행은 용해액이 떨어지기 전에 창과 등대를 이용해 적을 기습한다.

전투가 혼란에 빠진 가운데, 비올레 측은 인질을 버리지 않기로 하고 첫 게임의 아이템 ‘백천경’의 능력으로 적의 심장을 찌른 상대를 칼 안에 봉인하려 한다. 엔도르시는 비올레를 배신한 FUG를 공격하고, 적은 공중에서 떨어뜨려 살아남는 쪽이 승자라는 방식으로 그녀와 대결한다. 한편 비올레는 가시의 힘을 발현한 듯한 모습을 보인다.

경기장에서 밤에게 드러난 가시가 주변 신수의 흐름을 장악하며 리플레조의 그림자 공격을 제어한다. 한편 아르키메데스에서는 핵심 구역의 여행자들이 제압되고 경기를 재개하려 하지만, 엔도르시 자하드의 등장으로 상황이 바뀐다. 밤은 자신을 신으로 떠받드는 이들의 요구와 부정을 거부하며 그 역할을 끝내겠다고 선언한다.

엔도르시 자하드가 나타나 리플레조를 압도하고, 리플레조는 용해액을 풀어 모두를 가시와 함께 죽이려 한다. 비올레 일행은 인질을 찾았지만 엔도르시 때문에 진행자들에게 발각되고 봉봉까지 작동하지 않자, 제한 시간 안에 탈출해야 하는 위기에 놓인다.

공방전 결승장에서 FUG의 행커들이 용해액을 붓자 권트 일행은 인질들을 구해 탈출하기로 한다. 이화의 거래 상대는 플라스크를 다른 이에게 넘기고 배를 폭파하려 하지만, 로가 나타나 제자들을 구하고 시간을 번다. 한편 감시 영상이 탑 전역에 공개되고, 밤과 엔도르시는 리플레조가 있는 곳으로 향한다.

비올레 일행은 인질들을 구출해 부유선으로 탈출하지만, 적의 행커에게 위치를 발각당해 위기에 처한다. 행커가 공격하려는 순간 정체불명의 강자가 나타나 그를 제압하고, 상단은 가시를 포기한 채 철수한다. 이후 공방전 우승팀이 비올레 일행으로 발표된다.

공방전이 끝난 뒤 비올레와 동료들은 월하익송이 관리하는 리조트로 옮겨지고, 비올레도 무사히 깨어난다. 자왕난 일행은 D급 선별인원 자격으로 먼저 탑을 올라가야 해 비올레와 헤어지지만, 더 강해져 다시 만나 대결하겠다고 약속한다. 한편 공방전과 비올레를 둘러싼 FUG 및 윗선의 개입 가능성이 논의되고, 엔도르시가 물러랑에게 특정 시각까지 나오지 않으면 죽이겠다고 통보한다.

카라카의 스승이 비밀 거처를 찾아와 원로 사망과 카라카의 계획을 언급하고, 비올레의 빠른 성장을 경고한다. 한편 비올레와 엔도르시는 데이트를 하며 과거와 수련에 대해 이야기하고, 비올레는 라헬 일행을 찾기 위해 팀을 둘로 나누기로 한다. 이후 엔도르시는 비올레에게 추억을 남기고, 카사노는 에밀리를 데리고 버려진 성으로 향한다.

아르키에서 돌아온 뒤 호량은 몸에 이상은 없지만 일마르의 악마의 힘이 사라져 깨어나지 못한다. 동료들은 악마를 빼앗아 ‘완벽한 하나’를 만든 카사노를 찾아 호량을 구하기로 하고, 화련에게서 지옥열차를 타면 카사노에게 갈 수 있다는 정보를 얻어 출발을 결심한다. 비올레는 동료들과 작별하며 다가올 위험에 대비해 강해지라는 충고를 받는다.

공방전 후 한 달이 지나고, 밤 일행은 다음 층으로 갈 자격을 얻는다. 그러나 에밀리와 FUG 일당, 라헬의 행방을 쫓아야 하는 상황에서 밤은 카사노를 잡기 위해 베타에게 팀 합류를 제안하고, 베타는 이를 받아들인다. 일행은 D급 급행열차 ‘지옥열차’를 타고 다음 날 출발하기로 한다.