마교의 성역에서 천 공자는 후계자 자격을 이유로 목숨을 노리는 복마단에게 습격당한다. 천 공자는 죽음을 앞두고도 저항하고, 정체불명의 존재가 나타난 뒤 머릿속에서 스카이 코퍼레이션의 7세대 나노머신이 작동하기 시작한다.

천여운은 암살 시도 뒤 죽어가던 중 나노머신의 자가수복으로 살아난다. 이후 몸속 전신에 64억 8240만 개의 나노머신이 배치되어 있으며, 노폐물을 제거하고 무공을 익히기 좋은 상태로 몸을 바꿨다는 사실을 알게 된다.

천여운은 나노 머신의 치료 능력을 확인하고, 이를 통해 몸을 재구성한다. 이후 무공 서적을 스캔·전이받아 내용을 빠르게 습득할 수 있음을 깨닫고, 마도관에서 강해져 살아남겠다고 다짐한다. 한편 그를 제거하려던 자들이 모두 죽자, 복마종 후계자는 마도관에서 직접 천여운을 죽이겠다고 선언한다.

마도관 입관을 앞둔 천 공자는 나노의 도움으로 장 호위의 단검비술을 스캔해 뇌에 전이한다. 몸이 적응하지 않아 고통을 겪지만 근육 전이까지 진행하고, 장 호위는 천 공자가 자신의 20년 수련을 단기간에 따라잡았음을 깨닫는다.

나노의 도움으로 근육과 근맥 변환을 마친 천경운은 단검비술을 익히고 장 호위에게서 내공 운기 요결을 받는다. 어머니를 떠올리며 장 호위와 작별을 나눈 그는 마도관에 입관하고, 여섯 종파의 후보들이 모인 곳에 도착한다.

칠 공자는 명찰 문제로 입관식에서 맨 뒤에 배치되고 여섯 종파 후보자들의 조롱을 받는다. 교주 천유종의 축사 후, 생도들은 4년간 6단계 시험을 치르며 통과 시 마콩단과 무공 비급 등의 혜택을 받는다는 규칙을 듣는다.

마도관 입관생들은 서열과 직위를 얻기 위한 1단계 시험으로 음공을 견디게 된다. 오장로 항소유의 비파 음공에 많은 생도가 쓰러지지만, 천여운은 나노의 방어로 버틴다. 항소유는 그의 태연한 모습에서 내공의 존재를 의심한다.

천여운은 내공 없이 오장로의 비파 음공을 정신력으로 버티며 1단계 시험을 통과한다. 그러나 나노에게 내상을 입히라는 명령을 내려 죽기 직전까지 몰리고, 오장로는 그의 비범한 정신력을 인정해 의무실로 옮기게 한다.

시험 중 내상을 입은 환자로 가장한 인물이 마도관 의무실로 실려 오고, 의원 백종명이 상태를 살핀다. 우호법은 그의 연기를 간파하고 정신력과 자질을 높이 평가해 제자로 받아주겠다고 제안하며, 마도관에서 살아남는 데 필요한 종이를 건넨다.

내공이 없어 운기조식을 못 하던 주인공은 의무실에서 우호법의 제자가 되어 내공심법을 배우기로 한다. 한편 1단계 시험에는 475명이 통과했고, 소교주 후보 천무연과 천유찬은 항 장로의 음파공을 견뎌내며 뛰어난 실력을 보인다.

1단계 시험을 통과한 생도들은 하급 무사의 동패를 받고 조별 훈련을 시작한다. 의무실에 있는 7번 생도는 나노의 자가 수복으로 치료한 뒤 백증명의 진맥을 속여 우호법에게 내공을 배울 시간을 벌려 한다. 2단계는 3주 뒤 조별 대항전으로 치러지며, 20개 조 중 10개 조만 통과한다.

의무실에 입원한 7번 생도는 2단계 시험을 앞두고 스승에게 무천심법의 운기 방법을 강제로 전수받는다. 스승은 그의 뛰어난 신체 자질을 확인하고 일주일 안에 단전에 내공을 만들 수 있다고 판단하며, 한편 백기는 천종섬을 쓰러뜨리고 12조 조장을 자처한다.

천여운은 스승에게 무천심법을 익히며 일주일 안에 단전에 내공을 형성하겠다고 다짐한다. 마도관에서는 7일간 전술·전법과 진형 훈련이 시작되고, 생도들 사이의 서열 다툼으로 부상자가 발생한 가운데 누군가를 걷지 못하게 하려는 듯한 말이 나온다.

묶인 채 의무실에서 깨어난 허봉은 자신이 대머리가 된 사실에 충격받고, 누가 시켰는지 추궁당한다. 고문에도 버티던 그는 천무금 조와 자신의 신분에 관한 정보를 털어놓고, 마지막에는 내공이 없는 척 모두를 속여왔다는 사실이 드러난다.

천여운은 스승의 도움으로 마콩단을 흡수해 30년, 즉 반 갑자의 내공을 얻는다. 이후 접무도법을 다음 날부터 배우도록 허락받고, 그를 노려 진검에 찔려 의무실에 들어온 복마종 출신 생도의 배후 가능성이 드러난다. 자현과 공자는 그 결과를 기뻐한다.

하룻밤 사이 한 생도의 머리가 밀린 일을 두고 숙소에서 소동이 벌어지고, 의무실 의원이 마의 백종우의 제자일 가능성이 언급된다. 7일 뒤 의원은 천여운에게 접무도법의 기본과 내공 운용 방법을 가르치고, 천여운은 나노를 이용해 그의 동작을 스캔한다.