윤가민은 한솔이를 구하러 가려던 중 어머니가 피한율에게 구조됐다는 연락을 받는다. 한솔이가 스마트 태그가 달린 오토바이 키를 지녀 휘일고에 있다는 사실이 확인되자, 동료들이 북연 전력을 막는 사이 윤가민은 지영현에게 향하고 지영현과 맞선다.

피한울은 마민환의 암시를 통해 지영현이 한솔이를 노린다는 사실을 깨닫고, 한솔이는 윤가민에게 맡긴 채 이한경의 신변을 추적하기로 한다. 윤가민 일행은 한솔이 구출을 위해 침입하고, 김세현은 골리앗과 맞닥뜨리며 작전대로 움직인다.

김세현은 한솔이를 구하는 것이 이번 싸움의 승리 조건이라며 확실한 계획을 강조한다. 유성연합은 윤가민이 지영현과 1대1로 싸우도록 복연 병력을 막고, 세연이는 골리앗의 시선을 돌려 희원이 한솔이를 구할 틈을 만들려 한다.

북연 전력을 동원해 피한솔을 해치려 하자, 유성연합은 북연 격파보다 아이 구출을 우선하며 황순호와 최희원이 아이를 받아낸다. 난전 속에서 다시 일어난 윤가민은 지영현과 맞서며, 이제 그가 자신에게 닿지 못할 것이라고 선언한다.

윤가민은 지영현의 ‘대의 선’을 ‘후의 선’으로 공략하기 위해 완벽한 회피와 즉각적인 반격, 전투 예측에 집중한다. 지영현이 피를 흘리며 우세를 잡지 못하자 유성연합의 사기가 오르고, 북연이 아닌 함성이 들리는 가운데 ‘오리진’이 언급된다.

이한경은 자신을 쫓는 이들을 따돌리기 위해 도움을 준 여성과 헤어지고, 형사와의 약속 장소로 향한다. 한편 윤가민과 지영현의 격투가 이어지는 가운데, 안드레이 블라소프는 어린 시절부터 지영현 안에 있던 ‘포식성의 근원’을 떠올린다.

상대는 윤가민의 움직임을 150번 학습한 뒤 변칙을 노려 목덜미와 간을 공략하며 그를 몰아붙인다. 동료들이 총명탕을 건네자 가민은 이를 믿는 공부 루틴으로 정신을 깨우고, 금지 기술 제9법 ‘용호상박’을 펼친다. 상대는 가민이 지금까지 반쯤 잠든 상태였음을 깨닫는다.

윤가민은 총명탕으로 컨디션을 조금 회복해 피한솔과의 싸움에서 결판을 낸다. 지영현이 피연백을 자신의 존재에 정당성을 부여할 수단으로 여긴다는 이야기가 나오고, 영현은 피연백이 아버지를 죽였다는 말을 듣고 칼을 쥔 채 복수를 선택하려 한다.

지영현은 과거 10초간의 고민을 정당화하며 힘만이 전부인 세상을 고집한다. 윤가민은 공중에서 기술을 펼쳐 지영현을 이기고, 한솔이를 구해 달라는 부탁을 받는다.

윤가민이 지영현을 꺾자 북부연합은 해산하고, 지영현은 피한솔을 넘기지 않겠다는 약속을 남긴다. 한편 YB 비서실은 이한경을 위험 인물로 규정해 살해를 지시하지만, 윤가민이 이한경을 구해낸다. 유성연합은 북부연합 격파 후 한솔과 함께 평범한 시간을 보내려 한다.

챈들러스쿨 라일락 유치원 학예회에서 윤가민은 카메라 울렁증으로 영어 연극 무대를 앞두고 불안해한다. 케빈 선생은 가민에게 배역 ‘용사 마루’로 무대를 즐기라고 조언하고, 가민은 연극을 성공적으로 마친다. 공연 뒤 가민은 한솔과 함께 자리를 떠나며, 로스앤젤레스발 국제선 도착이 이어진다.

이한경 선생님이 피한울과 함께 공항에 돌아오자 기다리던 학생들은 안도한다. 이한경은 미국이 생각보다 멀어 연극을 보지 못했다며 사과하고, 가민은 문제를 해결해 나갈 수 있다는 마음을 다진다. 말미에는 박건엽의 복수와 최종 시즌을 예고한다.

유성공고에서 윤가민과 이한경은 공부를 위한 ‘유성 스터디’를 만들고, 피한울과 연백파의 폭력에 맞서 학교를 지킨다. 이후 이한경 실종과 피연백의 ‘쿠키’ 사업을 둘러싼 사건 속에서 유성연합은 북부연합을 이기고 피한솔을 구하며, 이한경과 피한울의 생존도 확인한다. 끝에는 박건엽의 행방과 배반자의 존재를 암시하며 시즌3를 예고한다.

이한경 교사가 유성공고에 복귀하며 유성스터디와 동아리실도 되찾는다. 한편 윤가민은 한솔을 피언백의 그늘에서 떼어내기 위해 데리고 떠나기로 하고, 박건엽은 장기 결석으로 제적 위기에 놓인 가운데 YB 비서실에서 지영현과 마주한다.

이한경은 나태만 형사에게 피연백이 오정화 교사 살해의 진범일 수 있다는 정황을 듣고, 박건엽이 복수를 위해 YB에 접근했다고 판단해 걱정한다. 이후 오정화가 학생을 약물 유통에 이용하는 일을 막으려 했음을 알게 된 한경은, 제적을 앞둔 건엽에게서 급히 만나자는 전화를 받는다.

정도훈은 피연백의 약점을 안다고 주장하다 병원에서 YB 비서실장 주현 일행에게 붙잡히지만, 나태만 형사의 도움으로 벗어난다. 윤가민은 어머니를 잃은 박건엽을 스터디에 들여 복수를 막으려 하고, 이한경은 정도훈의 실종을 알게 된다. 나태만은 지하주차장에서 납치 현장을 목격해 맞선다.