GAU 고스트 에이전트 본부에서 누군가 고스트를 가둔 시설의 문을 열고, 한 달 뒤 경찰이 된 구하리는 연쇄 차량 사고와 트럭 귀신을 마주한다. 신비가 떠난 지 5년 만의 이상 현상에 하리는 고스트의 재출현을 의심하고, 다시 나타난 트럭 귀신을 홀로 쫓는다.

최강림은 하급 악귀들을 처리한 뒤 구하리와 관련된 마지막 악귀를 추적한다. 하리는 전선에 얽힌 택시 사고를 막으려다 귀신의 사연을 듣고, 진범인 기계와 동화된 악귀와 맞서 사람들을 지키겠다고 결심한다.

하리는 폭주 차량 사건 뒤 병원에서 가족과 동료들의 걱정을 받으며 회복한다. 강림은 몰래 병문안을 왔지만, 하리는 다시 귀신을 본 일과 검은 부적의 이상을 털어놓지 못한다. 한편 GAU 국장은 하리의 고스트 소환을 통제하겠다고 밝히며 배신자에 대한 제재를 예고한다.

GAU 2팀은 증식형 고스트 ‘물나비’가 비정상적으로 불어난 사태에 지원 온 1팀과 함께 대응하고, 누군가 제물을 바친 듯하다는 의문을 남긴다. 한편 강림은 어린양 복음교회와 관련된 불안한 상황을 목격하며, 교회 내부에서 인간들을 모은 가짜 신앙 행위가 이어진다.

윤광수의 교회는 물나비들을 전멸시킨 ‘이단’의 존재를 확인하고, 다음 ‘어린 양’들을 준비하라고 지시한다. 한 인물이 김지후를 제압해 사람들을 제물로 쓸 계획을 듣고 버스의 가출 청소년들을 돌려보내며, 구하리는 지구대에서 납치·감금된 양기면을 발견한다.

구하리는 어린양 복음교회 사건에서 미처 구출되지 못한 여성을 떠올리며 진상을 밝히려 하고, 동기 권혁준은 규정을 우려하면서도 돕겠다고 한다. 지구대장은 사건을 넘겨받은 강력반 3팀이 교회 비리를 덮을 수 있다고 경고한다. 한편 교회는 김지후를 데려가 사건의 책임을 개인에게 돌린 뒤 살해한다.

어린양 복음교회 납치·감금 사건은 관계자 단독 범행으로 종결되고, 강력반은 관련 기록을 수거해 불태운다. 양가면으로 불린 이민규는 증거를 없애던 이들을 습격해 이민아 사건을 추궁하고, 교회 목동 임경훈이 괴물 같은 모습으로 나타난다.

이민규는 교회의 실체로 보이는 임경훈과 맞서 사제 폭탄을 터뜨리지만, 임경훈은 폭발을 견뎌 그를 몰아붙인다. 하리가 나타나 흑진귀를 소환해 싸우던 중 능력이 역류하고, 고스트를 몸속에 흡수한다.

소환 능력의 역류로 하리는 고스트를 몸속에 흡수하고, 현재는 이겨냈지만 언젠가 고스트에게 몸을 빼앗길 위험이 있다. GAU는 어린양 복음교회의 ‘하얀 어머니’ 수거와 관련 인물 제거를 지시하고, 교회가 ‘은총의 밤’을 시작한 뒤 하리 일행이 사람들을 구하러 도착한다.

윤광수가 이끄는 교회에서 신도들이 조종당한 채 공격하자, 구하리와 이민규는 이들을 해치지 않고 탈출하려 한다. 윤광수는 신지연 목동의 힘을 흡수해 완전한 악귀가 되고, 민규의 폭발 공격도 버틴다. 위기에 몰린 하리 앞에 누군가가 나타나 윤광수에게서 떨어지라고 경고한다.

강림은 하리를 구한 뒤 하얀 어머니와 맞서고, 윤 극장은 하얀 어머니를 제압해 수거한다. GAU는 악귀로 변한 사람들을 처리한 뒤 현장을 정리하며, 수거하지 못한 시신을 찾다가 구하리를 발견한다.

윤 국장은 구하리를 이번만 놓아주고 본부 복귀를 지시하며 ‘순리’를 경고한다. 하리는 희생자들을 구하지 못한 죄책감에 빠지지만, 동행인의 위로를 받고 함께 기도한다. 한편 GAU로 돌아온 최강림은 어머니인 류 국장과 재회하고, 류 국장은 윤 국장의 비밀 실험과 장 워커의 승인 여부를 추궁한다.

리온과 연화의 충돌은 국장들의 제지로 멈추고, 윤 국장은 지하 100층 고스트 자료실의 관리자를 만나러 간다. 하리는 강림을 공격하는 악몽에서 깨어나고, 오 과장은 신입 대원들의 능력을 끌어올리려는 이 책임관에게 하리에게 전할 역령갑을 맡긴다.

하얀 어머니는 자신을 붙잡아 실험한 술사에게 맞서지만, 600년간의 술법으로 완성된 강시 연화에게 제압당한다. 술사는 GAU 내부 협력자의 정체를 추궁하고, 한편 류 국장과 리온 대리는 지하 100층의 관리자 단영이 봉인된 고스트들보다 위험한 존재라고 밝힌다. 이후 한 인물이 물이 고인 곳에서 정체불명의 일을 겪는다.

하리는 자신에게 피해가 갈까 봐 강림을 피하려 하고, 대장이 건넨 장갑에서 신비의 모습을 목격한다. 지구대는 지하철역의 기이한 존재 목격 신고를 받고 출동하며, 강림과 동료는 교회 사건의 규정 위반으로 현장 업무 배제와 무기·부적 반납 처분을 통보받는다.

회사 규정을 어긴 두 사람은 현장 업무에서 배제되고 무기와 부적을 반납당한다. 구하리 일행은 지하철 CCTV 이상과 철로 위 인물을 확인한 뒤 열차에 타지만, 고스트의 기운과 함께 열차가 통제된다. 한 정체불명의 존재는 끈적한 변형체와 거래해 인간을 폭탄으로 만들고 벌레들을 풀려 한다.