주인공은 은신 스킬과 여러 효과를 이용해 경계를 통과한 뒤 F급 숲 던전에 들어가 시스템과 접촉하려 한다. 시스템은 소원석과 관련해 숨겨진 사실을 드러내며 직접 대화에는 위험과 희생이 따른다고 전하고, 일주일 뒤 다시 오라는 뜻을 남긴다. 직후 무리한 간섭의 영향으로 보이는 이상 현상이 발생한다.

주인공은 던전에서 어린 몬스터를 발견해 데려오고, 마석을 먹이며 돌본다. F급 던전을 단독 공략한 결과 S급 칭호 ‘미라클 루키’와 던전 보상 2배 효과를 얻는다. 이후 기숙사에서 피스와 새 몬스터 사이의 소동을 겪고, 찾아온 형에게 납치 사건에 대해 확인하려 한다.

피스를 장비처럼 취급하는 태도와 행동을 두고 누군가가 그를 꾸짖으며 피스와 친하게 지내고 아껴 주라고 말한다. 이후 주인공은 E·D급 던전을 단독 공략해 시스템 보상을 받고, 몬스터 사육 시설 건설과 영입을 준비하면서 자신에게 말을 거는 시스템과 회귀로 인해 생긴 문제를 의심한다.

식사 자리에서 명우의 새 건물 합류와 장비 제작 이야기가 오가는 동안, 유현은 형에게 차갑고 과보호적인 태도를 보인다. 던전에서 유현은 형의 사냥에 끼어들고, 형을 지키려던 이유와 서운함을 털어놓으며 던전에 들어가지 말라고 거듭 부탁한다.

시스템 존재들은 소원석으로 되돌아간 것은 허니의 세계뿐이며, 바깥의 던전 진행은 그대로라 더 빠르게 늘어나고 강해질 것이라고 설명한다. 허니는 세계를 지키기 위해 5년 안에 S급 50명을 키워드로 감화하는 임무를 받고, 이후 누군가 낯선 던전에 도착해 하급 던전이 아닌 듯한 상황을 확인한다.

피스가 화염 불사자로 변해 숲 던전을 불태운 뒤, 서백은 사라졌던 형 유현을 추궁하며 숨겨진 사실들에 대한 불안과 분노를 드러낸다. 유현은 S급 각성 스킬과 시스템 제작자와의 비밀 협력을 털어놓고, 두 형제는 오해를 풀며 화해한다.

피스의 성장과 동생 유현과의 관계 개선을 확인한 유진은 석하안에게 독립 연구실을 지원하고, 미래의 ‘던전 퍼즐’ 팀까지 합류시키며 던전 증가에 대비한다. 이어 S급과 몬스터들을 모으는 가운데, 유현에게 통역 아이템과 진심 어린 도움의 약속을 받으며 세계를 지키고 동생과 잘 살아가겠다는 의지를 다진다.

한유진은 주인의 증표 효과로 ‘완벽한 양육자’ 칭호를 얻고, 탈출한 새끼 그리폰의 공격성을 억누르며 길들이는 데 성공한다. 이후 그리폰의 먹이인 마수마 고기를 구하기로 하고 이름을 지어 주려 한다. 한편 계약서를 둘러싼 사건의 진상을 밝히기 위해 납치당한 사람을 찾아가기로 한다.

새 몬스터들을 돌보던 주인공은 침입한 태생 S급 각성자 리에트와 마주친다. 리에트는 불법 계약서의 저주가 튕겨 나간 원인을 확인하려 주인공을 시험하고, 주인공은 그녀가 시간 회귀의 여파로 사라진 던전에서 독·저주 능력을 얻은 이레귤러임을 깨닫는다.

리에트는 유진에게 위험한 SSS급 태생 몬스터를 비밀리에 맡아 키워 달라고 부탁하고, 유진은 이를 받아들인다. 이후 김성한을 S급으로 승급시키기 위해 A급 던전 보스 공략 작전을 세우고, 동료들과 함께 던전에 들어갈 준비를 마친다.

S급 헌터 네 명이 A급 하위 던전 ‘검은 골렘의 도시’를 압도적인 힘으로 공략하지만, 각자 행동하며 공격이 서로 겹치고 결국 헌터들끼리 시비와 충돌까지 벌어진다. 성현제는 S급이 본래 홀로 다니는 맹수 같은 존재라며, 이들의 공동 던전 입장이 금지된 이유를 설명한다.

던전 공략 중 S급 헌터들이 서로 다투자 F급 헌터가 중재해 사냥을 이어간다. 보상으로 SS급 스킬을 두 차례 얻고, 폐허 도시에서 던전의 영향과 헌터들의 힘에 대해 이야기한 뒤 교대 공략을 진행하지만 거대한 몬스터가 나타난다.

김성한이 S급이 된 뒤 해연을 탈퇴하겠다고 하자 주변에서 소동이 벌어지고, 유진은 S급들의 대련을 걱정하며 이를 말린다. 이후 던전에서 공간 간섭과 함께 SS급 초대형 몬스터 ‘산을 삼킨 바바르’가 나타나고, 누군가는 이 출현이 단순한 우연이 아니라고 의심한다.

A급 던전에서 SS급 몬스터 바바르가 나타나자 일행은 던전 붕괴와 피해를 막기 위해 맞선다. 공격이 쉽게 통하지 않고 재생력이 강한 바바르를 상대로 뒷목을 노리는 연계 작전을 세우며, 정확한 타이밍의 공격을 위해 새로 얻은 스킬을 사용하려 한다.

새로 얻은 [병아리반 선생님] 스킬로 여러 대상의 움직임과 감각을 연결해 협동을 조율한다. 문현아를 감화해 부담을 줄인 뒤, 김성한을 S급으로 만들기 위해 일행은 SS급 몬스터를 상대로 첫타·냉각·화염·껍질 파괴의 타이밍을 맞춰 공략한다.

한유진 일행은 지위 계통 특수 스킬로 피스와 최초의 협공을 하고, 예림의 버프와 [베테랑 F급] 효과로 공격력을 높여 강력한 적을 쓰러뜨린다. 전투 후 김성한의 스탯과 스킬 숙련도가 상승하고, 세성 길드장은 공격력 2배 스킬 공유와 관련해 한유진에게 숨겨진 무언가가 있다고 의심한다.