김독자는 미완성본 동의보감의 침구편을 사용해 이설화의 몸에 기생한 벌레를 제거하고, 이설화가 살아남을 수 있도록 돕는다. 이후 패러사이트의 여왕 엔티누스가 공격하자 리카온이 이를 막아서고, 김독자는 ‘바람의 길’로 전투에 대응한다. 전투 중 강동구에서 재앙의 부화를 막는 부 시나리오가 시작된다.

김독자 일행은 ‘질문의 재앙’이자 지구 출신 귀환자인 명일상과 맞선다. 명일상은 질문으로 봉인을 풀며 유상아를 공격하지만, 김독자는 질문에 답하지 말라고 경고하고 동료들과 전력을 다해 반격한다. 이후 일행은 폐허가 된 도시에서 7일간 생존해야 하는 서브 시나리오를 받는다.

귀환자 명일상이 등장해 질문에 답할수록 봉인이 풀리는 힘으로 화신들을 압박한다. 도깨비는 그를 SSS급 용사이자 재앙으로 소개하고 제거 서브 시나리오를 발동하지만, 명일상은 자신이 다녀온 이계를 멸망시켰다고 밝힌다. 이후 생존 서브 시나리오도 갱신된다.

김독자는 헌터 협회 사람들과 맞서 싸우며 자신이 잘하는 ‘읽는 것’을 활용해 등장인물의 기술을 책갈피로 얻는다. 그는 ‘바람의 길’을 이용해 적과 대등하게 맞서지만 혼자서는 승산이 없음을 깨닫고, 유중혁이 나타나 적을 막는 동안 새로운 시나리오가 시작된다.

김독자는 질문의 재앙에 맞서 진공감옥과 바람의 길을 활용해 명일상의 힘을 약화시키고, 주변 사람들을 지키려 한다. 바람의 재능을 일시적으로 개화한 그는 명일상을 제압하고, 명일상은 모든 봉인이 재생된 뒤 질문하면 죽이겠다고 경고한다. 이후 김독자와 유중혁은 주요 공현자로 인정되어 보상과 새로운 설화를 얻는다.

김독자는 서브 시나리오 ‘555급 사냥’을 끝내고 기본·추가 보상을 받게 된다. 도깨비 독각은 김독자와 비형이 시나리오를 조작해 개연성을 침해했다고 관리국에 문제를 제기하고, 전투 장면을 근거로 비형의 채널을 공격한다. 성좌들이 채널을 이탈하고 규모가 줄어들자 김독자는 독각의 채널 이적 제안을 받아들인다.

김독자는 비형의 채널로 옮기기 위한 계약을 협상하면서, 비형의 채널에 있던 성좌들을 자신의 채널로 끌어들인다. 그는 구독자 1만 명 달성 시 성좌 한 명을 파트너로 삼겠다고 선언하고, 비형의 구속을 벗어난 뒤 새로운 생존 시나리오를 시작한다.

김독자는 비형과 합류해 양산형 제작자의 SSS급 아공간 코트를 받고, 유상아와 함께 아나스프레타를 조리해 먹으며 다음 시나리오를 준비한다. 그는 독희를 믿어도 되는지와 동료들의 변화를 논의한 뒤, 정체를 숨긴 인물에게 목적을 밝히라고 압박한다. 이후 올림포스 성좌들이 등장하고, 폐허 도시에서 1일간 생존하는 서브 시나리오가 시작된다.

김독자는 유상아의 몸에 강림한 올림포스 성좌 아리아드네와 삼문답을 교환하며, 자신이 감시 대상인 ‘특이점’임을 확인한다. 아리아드네는 신탁의 내용은 거부한 채 올림포스의 일을 방해하지 말라고 경고하고, 유상아가 세계의 멸망을 막을 존재로 자랄 것이라 말한다. 이후 김독자 일행에게 폐허 도시에서 1일간 생존하는 서브 시나리오가 시작된다.

김독자는 원작과 다른 종막이 시작되려는 징조와 정체불명의 존재를 감지한다. 그는 유상아·한수영과 함께 한강 일대에서 공필두를 찾고 괴수종을 사냥하며, 한동훈에게서 길영이 용산구에 있다는 소식을 듣는다. 일행은 흩어진 동료들과 재회하기 위해 강을 건너기로 한다.

김독자 일행은 끊긴 동작대교와 다수의 7급 괴수종 때문에 이동에 난항을 겪는다. 일행은 굶주린 사람들에게 음식을 나눠 주고, 부모를 잃은 어린 생존자와 마주친다. 이후 폐허가 된 도시에서 생존하며 식사와 수면을 지켜야 하는 새로운 서브 시나리오가 시작된다.

김독자 일행은 신유승이 미래에 재앙이 될 수 있다는 사실을 알고 그를 죽일지 논쟁한다. 유중혁은 서울을 지키려면 신유승을 제거해야 한다고 주장하지만, 김독자는 미래를 이유로 아이를 죽이는 대신 자신이 그의 죽음을 막고 성장시키겠다고 결심한다. 이후 신유승에게 생존을 위한 서브 시나리오가 발동된다.

김독자는 신유승의 능력치와 스킬을 성장시키며 괴수 길들이기를 돕지만, 길들이기는 계속 실패한다. 한수영과는 이 세계와 원작, 표절을 둘러싼 대화를 나누고, 잠든 사이 한수영이 싸늘한 주검으로 발견된다. 동시에 폐허 도시에서 1미일간 생존해야 하는 새 시나리오가 시작된다.

김독자 일행은 모두 잠든 사이 한수영의 아바타가 임시 서약서 위반의 대가를 대신 받아 머리가 터지는 사건을 겪는다. 신유승의 시나리오 한계치가 차자 김독자는 유승아와 배후 계약을 맺고, 각성을 위해 유상아와 함께 한강을 건너며 위기를 연출하려 한다. 이후 일행 앞에 폐허 도시에서 4일간 생존해야 하는 서브 시나리오가 제시된다.

신유승은 트랜스 상태에 돌입해 ‘길들이기’를 발동하고 괴수종을 길들여 일행이 이를 타고 한강을 건너게 한다. 일행은 현재의 신유승과 다른 세계선에서 온 미래의 재앙 사이의 연결과 역설을 논의한 뒤 용산 한강공원에 도착하지만, 거대 사마귀로 보이는 괴수와 마주친다. 이후 폐허 도시에서 4일간 생존해야 하는 서브 시나리오가 제시된다.

일행은 서브 시나리오를 마치고 능력치와 코인을 정비하며, 유상아의 가족에게 서울이 더 이상 안전지대가 아니게 될 수 있다고 알린다. 북쪽의 물의 재앙이 처치되어 다섯 재앙 중 네 개가 해결되고 범람의 재앙만 남은 가운데, 다섯 번째 메인 시나리오와 두 번째 배후 선택 이벤트가 시작된다.