학생들은 괴물을 피하며 탈출 지도를 만들고 모두 살아 돌아갈 방법을 찾는다. 며칠 전, 선오고 학생들은 사람을 되돌아오지 못하게 하는 ‘검은 원’의 위험을 경고받고, 이후 학교 전체가 초대규모 구멍에 빠지며 생존 위기를 맞는다.

학교가 검은 원에 빠진 뒤, 남은 이들은 다친 사람 없이 교실에 모여 상황을 파악하려 한다. 그러나 학교 내부가 뒤틀리고 재구성되는 듯한 이상 현상 속에서 ‘살인자’가 있다는 경고가 나오고, 출구로 나가려던 학생들은 반장 남정우와 한수진에게 제지당한다.

학생들은 교사를 죽인 괴물에게서 교실로 피신해 문을 닫고 추모한다. 이후 괴물을 공격할지 탈출 방법을 찾을지를 두고 갈등하던 중, 누군가 ‘검은 원에서 살아남는 법’이라는 자료를 건네며 밖으로 돌아갈 수 있다고 말한다.

소한은 비공식 생존자인 삼촌에게 들었다며, 검은 원에서는 생명체를 제외한 현실과 추상적 개념이 부정적으로 뒤틀린다고 설명한다. 창밖에 복잡하게 얽힌 학교 공간이 드러나자 학생들은 그의 말을 신뢰하고, 탈출구가 검은 원의 맨 아래라는 정보를 바탕으로 밖으로 나가기로 한다.

소한의 설명 뒤 학생들은 검은 원을 빠져나가기 위해 4명씩 조를 꾸려 쉬는 시간마다 복도를 탐색하고 지도를 통합하는 계획을 세운다. 수업 시간과 쉬는 시간이 각각 10분·50분으로 뒤바뀌었다고 판단한 뒤, 네 갈래 길을 조별로 조사하기로 하고 안전을 최우선으로 출발한다.

모두는 살아서 돌아가는 것을 최우선으로 삼고, 50분 안에 교실로 복귀한다는 조건 아래 다른 교실을 찾기 위해 조별로 이동한다. A조는 검은 안개 탓에 어두워진 길과 새 갈림길을 지나고, B조는 복도에서 수상한 그림·낙서를 발견한 뒤 준비가 더 필요하다며 교실 복귀를 결정한다. 김도운은 지우의 샤프를 돌려주러 따로 향한다.

일행은 지우와 3반 생존자들을 찾기 위해 학생들을 본뜬 대칭 그림을 따라가지만, 위험을 우려해 교실로 돌아가기로 한다. 그때 그림 속에 갇힌 생존자를 발견하고, 그는 괴물이 사람들을 그림으로 만들고 있다고 알린다.

도운 일행은 쉬는 시간에도 다른 교칙을 지닌 괴물이 나타날 수 있음을 깨닫는다. 벽을 접어 사람들을 그림으로 만드는 손 모양 괴물과 마주한 도운은 관찰 끝에 괴물이 시각 대신 소리로 사람을 감지한다고 추론하고, 일행은 소리를 죽여 1-4반 교실에 도착한다.

괴물의 약점을 제거하자 공격이 멈췄고, 일행은 선아의 지도를 따라 교실로 돌아간다. 혼자 도망쳤던 인물은 사과하고 도운과 선아에게도 사과하라는 말을 듣는다. 첫 탐험 뒤 D조가 예림이를 복도에 두고 왔다는 소식이 전해진다.

D조가 복도에 예림을 두고 온 사실이 알려지며 학생들 사이에 갈등이 커진다. 수업 종이 울리자 D조는 지도 만들기를 위해 이동하고, 한 학생을 진정시키려 화장실 안전을 확인한다.

안전 확인 뒤 일부 인원이 복도로 나가고, 서예림은 울음을 그치려 세면한다. 이후 서예림이 교실로 돌아온 뒤 정체가 불분명한 존재가 다가오자 무기를 든 학생들이 막으려 하고, 최현준이 찔린 듯한 상황이 벌어진다.

보이지 않는 벽에 막혀 머리를 부딪히는 서예림을 두고 일행은 교실로 돌아와, 서예림이 둘이 됐다는 주장과 쉬는 시간의 괴물 목격담을 전한다. B조는 서예림을 확인하러 가지만 문이 잠겨 있었고, 소리를 쫓는 괴물이 교칙과 연관됐다면 다른 교실에 들어가는 것도 위험할 수 있다는 의문이 제기된다.

예림을 찾으러 간 일행은 잠긴 문 앞에서 막혀 다른 길을 찾지만, 시간이 지나도 성과를 내지 못한다. 교실로 돌아온 정우와 학생들은 괴물이 뒤틀린 교칙과 관련됐을 가능성을 논의하고, 정우는 교칙이 괴물의 영역 안에서만 적용될 수 있다는 가설을 제시한다.

정우는 교칙이 괴물 주변에서만 적용될 수 있다는 가설을 제시하고, 학생들은 다음 쉬는 시간부터 다시 교실 밖을 탐험하기로 한다. 여러 차례의 탐험은 무사히 끝나지만 진척이 더뎌지자 일곱 번째 탐험에서 누군가의 비명과 공포가 터진다.

C조는 반복된 탐험과 피로 속에서도 일곱 번째 탐험을 시작하며, 휴대폰 타이핑을 중단하고 이동 속도를 높이기로 한다. 돌아가려던 중 오승재가 어두운 길을 시험해 들어가고, 일행은 촉감이 이상한 공간 끝에서 교실 문으로 보이는 것을 발견한다.

C조는 괴물과 마주한 뒤 귀환 여부를 두고 갈리고, 처음 괴물을 본 승재는 훈련으로 키운 순발력으로 곧바로 행동한다. 지은은 미지와 손가락 신호로 앞의 괴물과 승재의 안전을 확인하려 하고, 누군가는 교칙을 떠올리며 수업시간 전까지 움직이라고 말한다.