연락이 닿지 않던 정우경이 미래를 찾아오고, 자신이 임유나의 사촌이라는 사실이 밝혀진다. 일행이 술 초콜릿을 나눠 먹은 뒤 미래가 취해 흑역사를 만들고, 다음 날 일행은 중요한 일을 앞둔다.

유나의 친구들은 유나 몰래 생일 파티를 준비해 아침에 깜짝 축하를 해준다. 정성껏 준비한 선물을 건네며 유나와의 추억과 앞으로의 약속을 이야기하던 중, 유나는 자신이 유학을 간다고 밝힌다.

임유나는 다음 달부터 최소 5년간 유학을 떠날 예정이라고 친구들에게 알린다. 친구들은 갑작스러운 통보에 섭섭해하고, 유나와 연락이 끊긴 뒤 이미 한국을 떠났다는 사실을 알게 된다.

유나는 가족과의 약속대로 1년 뒤 미국 유학을 떠나야 하지만, 친구들과 함께하는 현재의 시간이 너무 소중해 마음이 흔들린다. 엄마는 약속을 지켜야 한다고 말하고, 나리는 떨어져 있어도 우정은 변하지 않을 거라 위로한다.

미래는 유나와 하고 싶은 말을 삼킨 채 무난한 대화만 나누고, 유나가 좋아하는 빵을 건넨다. 유나의 다음 날 미국행을 앞두고 미래가 우정의 지속을 확답받지 못해 불안해하자, 선지가 미래를 깨워 공항에 가자고 한다.

나리와 선지, 미래는 유나를 배웅하기 위해 공항으로 달려가고, 나리는 과거의 오해를 반복하지 않기 위해 섭섭한 마음을 잠시 미룬다. 유나는 멀리 떠나도 계속 연락하고 방학마다 돌아오겠다고 약속하며, 이후 편지로 떠난 이유와 귀국 일정을 전해 친구들의 불안을 덜어 준다.

나리는 멀리 떠난 유나에게 편지를 보내 지난 1년간 친구들과 함께한 추억을 사진으로 정리해 전한다. 선지와 미래가 곁을 지키는 가운데, 나리는 유나의 치료와 공부를 응원하며 재회를 약속한다.

시즌 완결을 맞아 작가 모랑지가 작품의 구상 과정과 네 주인공의 초기 설정, 작업 중 어려움을 돌아보고 독자 Q&A에 답한다. 이후 시즌 3에서 나리의 첫 연애가 펼쳐질 예정임을 알리고, 휴식 후 돌아오겠다고 전한다.

6개월 전, 한 학생이 거북당 빵집을 찾아 거북이 모양 초콜릿을 문의한다. 초콜릿은 기념일에만 판매하지만, 빵집 직원이 만들어 주겠다고 하자 학생은 내년부터 이곳에서 학교에 다닐 예정이라며 다시 오겠다고 한다.

나리는 유나에게 한국의 따뜻한 날씨와 반 배정 소식을 편지로 전한다. 미래·선지와 같은 반이 되어 기뻐하던 중, 나리는 영창 오빠에게 머리를 맡겨 새롭게 변신하고, 귀가길에는 터진 핸드크림 때문에 곤욕을 치른다.

나리, 선지, 미래는 새 학기 첫날 누구보다 일찍 학교에 와 좋은 자리를 선점한다. 교실 천장에 난 구멍을 발견한 뒤, 남학생 주찬양이 세 친구 사이에 앉으며 나리와 티격태격한다. 찬양은 과자를 떨어뜨리는 등 범상치 않은 첫인상을 남긴다.

새 학기, 나리는 좋은 담임과 무난한 반 친구들에 만족하지만 서미래와 매일 이어지는 윗반의 층간 소음 때문에 고생한다. 반장으로서 2-5반에 항의하러 갔다가 무시와 막말을 듣고, 더는 부탁하지 않고 맞서기로 결심한다.

문과 1반은 위층 5반의 교실 축구로 인한 층간소음에 항의하고, 오나리는 5반에 재발 방지 각서를 요구한다. 갈등은 천장을 두드리고 뛰는 보복으로 번지지만 교사와 교장의 중재로 일단 마무리되고, 권승하는 오나리를 비꼬며 위협한다.

층간소음 사건 이후 잠시 평화를 되찾았던 반 분위기는 홍삼 우유 소동과 두 반 반장들의 충돌로 다시 험악해진다. 이후 두 반은 서로를 적대하며, 한쪽 반장은 악의 무리의 대장처럼 취급되고 다른 반 반장은 선량한 피해자로 여겨진다.

윗반 학생들이 천장 구멍으로 쓰레기를 던지며 도발하자, 반장은 맞대응하지 말고 무시하자고 한다. 하지만 윗반이 돈을 미끼로 계속 장난을 치고, 이를 잡으려던 주아가 다치고 조롱당하자 반장은 상대해 주면 윗반에게 놀아나는 것이라고 말한다.

반장은 친구들의 돈 낚시와 다친 주아의 사진을 찍어 비웃은 행동을 꾸짖고, 사진 삭제와 사과를 요구한다. 학생들은 잘못을 인정하고 돈을 돌려주며 재발을 약속하고, 주아는 자신을 편들어준 나리에게 고마워하며 아끼던 스티커를 선물한다.